所有地方都要！除非现代派作曲家特意标记出来，包括巴洛克和古典时期。音乐是活的不是机械的，要是完全按照谱面的音符时值就不用音乐家了，MIDI就解决了。
Rubato下面还有一个词叫Agogik，就是细微的速度、节奏的变化，绝大多数人类演奏出来的音乐都是充满Agogik的。这个东西不是刻意做的，任何一个有乐感，并且技术够的人都会自然而然的这样做，合奏也一样。
之前写过一个答案，在此基础上补充一些东西：
巴洛克和古典时期的曲子大体的Metrum（韵律）应该是相对精准的，但是在整体精准的情况下，一拍，或者一小节之内的音符是可以一定程度上根据音乐来调整长短的，在一串音符里，可能有的音符长一点，有的短一点。
比如速度是四分音符120，16分音符跑动一个音0.125秒，但是如果真的每一个音0.125秒，那听起来就很机械，因为歌唱性，流动性，可能有的音是0.12秒，有的0.13秒，浪漫派乐曲更夸张可能有的0.15秒，有的0.1秒。但是大体上看，每一拍，至少每一小节是准的。
举几个例子：下图F C，E 降D两个跳跃，有两种弹法，如果是想要突出歌唱性在前面的音上给一点踏板，高音弹得稍微轻一些并且晚一些，这样就有一个小的连线的感觉。如果是想要弹出多声部，高音是另外一个乐器发出来的声音，就要稍微强一点，但是不能比之前的音强得有区别，同时还要准时，甚至早一点点弹。
如果想要歌唱性并且espressivo，降E，D，C这几个音就要弹得稍微长一点点，而不是完全按照节奏“哒哒哒哒哒哒哒”，并且是降E最长，D稍短，C正常，由于前几个音符比较长所以降B要弹得短。
在画圈的最高音处，降E和D可以稍稍强调一点点，时值稍微长一点点，但由于是16分音符，本身时间就不多，太多了不符合作品风格，所以一点点就好。
速度本身就是一种感觉，本来就是相对的。傅聪，齐默曼，巴伦博伊姆等一票大师都持这一观点：音乐是在这一瞬间所发生的事情，一切要按照当时的情况来，乐器的不同，音响效果的不同，决定速度的不同，并且要根据前一个音的响度，质感来决定下一个音什么时候出来，怎样出来，所以音乐是时间的艺术。
这也是为什么即便完全遵照作曲家的旨意，演奏家还依旧有很大的空间，发挥自己的风格特点。
至于要注意的地方，简单的来说就是怎么做，做多少，是否符合作品的时代风格，是否符合当代的审美。这种自由有多大的限度，每个时期风格不一样，巴洛克古典现代派更严格一些，浪漫派和印象派更自由一些。至于底线是什么，Brendel有一句话说得好：“至少要让听众辨识出谱子上的节奏”。
这个题目如果细说下去得写本书，并且，即便用文字把所有情况都罗列出来了，没有实际的去听，去感受，去尝试，都只是纸上谈兵。只有在和足够好的老师一对一，面对面，长期的学习，接触不同风格的作品，才能形成一套自己的体系。
翻了一下问题日志，题主提问的时候问的是巴赫：
而“巴洛克和古典乐派没有节奏伸缩”这种说法一定程度上可以说是错的，可以除了结尾几乎没有rubato，但是一定会有并且要有Agogik。巴洛克古典时期的键盘作品在现代钢琴上不踩踏板反而也是不符合时代风格的，具体参见：知乎 Live - 全新的实时问答
