简单说，如将朱棣升格为“世祖”的麻烦不亚于又一场大礼议。
具体原因或在朱厚熜自己撰写的《明堂或问》中找到线索：
问曰：太宗功兼创守，将何以报之哉？
答曰：我太宗当皇祖初定之中，又值建文所坏复兴起之，便是再创一般。今同太祖百世不迁此，乃报崇之正。然称号太宗未免无异于列圣，当以祖字列之，庶见其宜也，此人情之真焉。夫何谓古以祖有功而宗有德，令概以宗尊之，太宗所谓有功者焉可同宗称之，此当别之者也云。
前情是，大礼议已进入第三阶段战役“称宗祔庙”。朱厚熜为了给他爹兴献帝称宗、配享（希望在明堂由其父配祭昊天上帝），在已经建了“世庙”的前提下，希望给他爹太庙中硬生生挤一个位置，然后以正牌本生父的皇帝身份，剥夺唐代以来太宗配享昊天上帝的资格。
明代太庙在嘉靖九年前为九庙之数。庙内神主居中为远祖德祖（嘉靖九年后就迁走了），然后是太祖、太宗、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗，共九庙。
如果要遵循庙数，则嘉靖帝要面临的问题是：亲尽远祖必须要毁庙，然后神主迁到宗庙后面的“祧庙”去。于是，朱厚熜于嘉靖九年先祧迁了德祖，以方便给他爹腾位置。
但由于无论是合庙祭祀（和孝宗挤一个位置）还是分庙祭祀（世庙要毁庙和孝宗一庙两室），兴献帝都无法拥有单间，朱厚熜都不乐意。所以他爹的庙次一直没有定。
嘉靖十七年，有退休官员丰某上书投机，请求皇帝用称宗和明堂礼尊崇生父。瞌睡递枕头。这就给朱厚熜找到了折腾的理由。
在不能质疑当时称为太宗的朱棣的配享资格情况下，必须要不断抬高朱棣的法统地位，使之拥有比宗更有具说服力的功劳和法统上的正当性。“当皇祖初定之中+便是再创一般+报崇之正”，无不显示朱棣的改天换地的再造之功和承接朱元璋的纯正法统。添砖加瓦的同时，必不会再去撼动朱棣的实质“大宗”地位。
需知，从朱棣生前及死后仁、宣、英、宪、孝官方口径一致认定，朱棣是高皇帝和高皇后的嫡子，在朱标殁后，太祖所遗诸子中居长。（关于朱棣生母是否是高皇后，当时无疑，但明末流言纷起，“言之凿凿”，见《南京太常寺志》《三垣笔记》等说为碽妃，不过仅以牌位论，且是否诚如亲见，证据性不强，备此存疑）。
我怀疑，世字虽原意为世代祭祀，但“统绪改换”之义恐怕在明代官方意识形态中，已经慢慢浸润为一种不是解释的解释了。汉世宗（武帝）、唐代宗（避李世民讳）、周世宗、元世祖，这些皇帝的上位经历，让世字多少都隐含统绪流转的意思。如果朱棣称世祖，则不得不重回本非大宗（朱标—朱允炆是嫡长）由小宗入嗣的争端，是一波未平一波又起，朱厚熜没精力也不愿意横生枝节。谥法曰：安民立政曰成，政以安定。在明代官方意识形态下，朱棣是“拨乱反正”的君主，将朱棣定为成祖，则庶几完美。
同时，“世”字是美谥，对于朱厚熜而言，也有私心，希望将来为自己独享。他曾就其父享世庙之誉而无世庙之实说：“而‘世’之一字，来世或用加宗号。今加於考庙，又不得‘世宗’之称，徒拥虚名。」（这一点，他确实做到了）。当然，他在议礼上的连番折腾，也不会改变他是小宗入嗣大宗的既定事实，这是宗法社会的基础。世宗的世字，那个被不断质疑却又在实践中被一个个皇帝加固的统绪流转的含义，对一生追求名正言顺的朱厚熜而言，倒也是贴切的很。
更新：
关于明代正德朝后到底是「七庙」还是「九庙」的问题，系统解释下。（正德朝前七庙情况 @张建平 同学指正甚详，尤其是对德祖情况的说明，表示感谢＋认同。）
简而言之，因为「七庙」并非以「庙」而论，而是以「世」来论。
隆庆六年穆宗驾崩，讨论到祧谁的问题时，礼科给事中陆树德有一段著名的议论：
「古者以一世为一庙，非以一君为一世，故晋之庙十一室而六世，唐之庙十一室而九世。宋自太祖上追四祖至徽宗，始定为九世十一室之制，以太祖、太宗同为一世故也。其后徽宗祔以与哲宗同一世，高宗祔以与钦宗同一世，皆无所祧，及光宗升祔，增为九世十二室。（指仁宗被祧后）今自宣宗至穆宗凡六世，上合二祖仅八世，准以宋制，可以无祧，但于寝殿左右各增一室，则尊祖敬宗，并行不悖矣。」
不过这段议论后，皇帝决议仍把宣宗给祧了（就是这么不赏脸=·=）
需要说明的是，明代太庙在嘉靖九年前为九庙之数。庙内神主居中为德祖（也就是朱元璋的祖爷爷朱百六，在孝宗朝预备祧远亲三祖时被认为“视周后稷，不可祧”），然后是太祖（万世不迁，嘉靖九年迁德祖于祧庙，太祖居中直到明末）,太宗（靖难后，朱允炆的建文年号被革除，本人自然无法入庙；朱标早逝，建文朝上庙号兴宗，靖难后也被革除，复称懿文太子。朱棣去世后上庙号太宗，也即之后的明成祖）、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗，共九庙。这其实不符合七庙的规制，这在孝宗朝就引发过很深的讨论。“时九庙已备，议者咸谓德、懿、熙、仁四庙，宜以次奉祧。”根据礼部的建议和吏部官员的观点，“今请并祧德、懿、熙三祖，自仁祖下为七庙，异时祧尽”才是正途。不过弘治朝最后只祧了懿祖，长留了德祖，熙仁二祖等新朝异代而祧。
在嘉靖九年后的一长段时间里，明朝太庙内的神主数量是奇怪的“八个”，这是一个特例。嘉靖十年到嘉靖十七年的格局是：太庙（太祖、太宗（文祖世室）、仁宗、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、武宗）、世庙（睿宗）并祧庙四主（德祖、懿祖、熙祖、仁祖）。嘉靖二十九年到嘉靖四十五年的格局是：太庙（太祖、成祖、宣宗、英宗、宪宗、孝宗、睿宗、武宗，方皇后）、并祧庙五主（德祖、懿祖、熙祖、仁祖、仁宗）。
等嘉靖帝（世宗）初步搞定大礼议，在嘉靖十七年把太宗升格为成祖，把他爹升格为睿宗并祔庙。要注意，在嘉靖帝在世时，睿宗和孝宗是属于两庙两世。那时大臣对睿宗和孝宗谁也不敢说是一世一庙。只能按两庙算。嘉靖帝自己曾对这次调整说：“既无昭穆，亦无世次，只序伦理。”从嘉靖二十九年祧仁宗到四十五年嘉靖帝去世前，嘉靖朝的太庙，经历了从武宗入庙、德祖迁庙，到太宗升祖、睿宗祔庙再到仁宗被祧、方后占位，其结局是“八庙无世一后”：太祖（1），成祖（2），宣宗（3）、英宗（4）、宪宗（5）、孝宗（6）、睿宗（7）、武宗（8），方皇后（9）
等嘉靖帝驾崩成为世宗入庙（隆庆朝并没有祧宣宗，到万历朝才祧），人走茶凉，则朝廷又将孝宗和睿宗视为一世（俩人是一父亲兄弟），同理，又将武宗和世宗视为一世（从陆议中即可得出，隆庆朝已将武宗、世宗这对堂兄弟作为一世），这样才出现了符合七庙规格的“九庙七世”：太祖（1），成祖（2），宣宗（3）、英宗（4）、宪宗（5）、孝宗+睿宗（6）、武宗＋世宗（7）
明世宗后直到明亡，「按世不按庙」也成为明太庙的常规。
附：万历朝《大明会典·今太庙总图》详细展现了当时太庙寝殿（主殿）供奉的九庙七世，即太祖（1），成祖（2），英宗（3）、宪宗（4）、孝宗＋睿宗（5）、武宗＋世宗（6）、穆宗（7）。仁宗和宣宗已经进入了祧庙。（注意：陆树德的议论是在穆宗刚刚殡天，在这张图之前，穆宗那时还没有祔庙。）
这是我在知乎的首答。荒径野渡，观者寥寥。感谢大家洗尘翻牌。关于明清两朝故事的正经回答，欢迎继续戳：
