巴赫是一位多产的作曲家。他的作品包括有将近300首的大合唱曲；组成《平均律钢琴曲集》的一套48首赋格曲和前奏曲；至少还有140首其它前奏曲；100多首其它大键琴乐曲；23首小协奏曲；4首序曲；33首奏鸣曲；5首弥撒曲；3首圣乐曲及许多其它乐曲。总计起来，巴赫谱写出800多首严肃乐曲。他的创作一般可分为三个主要阶段——魏玛时代（1708-1717），可以说是创作臻于成熟的阶段；柯登时代（1717-1723），则是他创作的高峰期，许多贡献卓著的作品都完成于这个阶段；而莱比锡时代（1723-1750），是巴赫将宗教艺术推至最高境界的时期。
巴赫笃信宗教，是个路德教徒。他希望他的乐曲为教会服务，他的大多数作品都是宗教音乐。他是最后一位伟大的宗教艺术家，他认为音乐是“赞颂上帝的和谐声音”，赞颂上帝是人类生活的中心内容。他的音乐最初就是从被称作赞美诗的路德圣咏而产生的。通过旋律可以看出作曲家结合了当时流行的通俗之声。在音乐形式上他无意创新，而是把现有的形式推上顶峰。
在约翰·塞巴斯蒂安·巴赫去世后的半个世纪里，他的音乐大体上无人问津（但是值得注意的是那个时代的最伟大的音乐家──海顿·莫扎特和贝多芬极为欣赏巴赫的天赋）。新的音乐风格在发展，巴赫的“旧式”乐曲一时声消音灭。但是1800年以后，人们对巴赫乐曲重新发生了浓厚的兴趣，从那时起，他的声誉和名望与日俱增。在今天这个非宗教的时代里，巴赫远比他在世期间的名望更高。一位两百年前在风格和主题方面都被认为是旧式的作曲家，今天却受到了广泛的颂扬，这确是一件怪事，其原因何在呢？
首先，一般认为巴赫是所有著名作曲家中水平最高的艺术家。他谙熟他的时代的所有音乐形式，并对其中任何一种都能运用自如，达到了炉火纯青的地步。例如他对旋律组合法（同时演奏两种或两种以上不同曲调的方法）在艺术上的精通程度堪称前无古人，后无来者。此外，他的管弦乐作品逻辑性强，变幻多样，主题贴切感人，旋律丰富多姿，因此他愈加倍受赞颂。
大多数严肃的音乐学生感到，巴赫作品结构的深刻性和复杂性比大多数其他作曲家那些更易理解的作品具有更加无穷的魅力。许多偶尔对音乐感兴趣的人认为他是阳春白雪，但是应该指出他的追随者并非少数几个音乐名流，他的唱片可能比除贝多芬以外的任何其他古典作曲家的都要畅销。从长远观点来看，巴赫或贝多芬的作品远比一位风靡一时的“流行”作曲家的作品拥有更多的听众，因为“流行”只不过是昙花一现，倏忽即逝。
巴赫在古典作曲家中的地位应排在何处呢？单巴赫的作曲技巧以及对音乐的理解程度上，他足以驰骋在任何音乐家之上：贝多芬带给人们的是上帝的怒火，莫扎特带给人们上帝的欢笑，所以他们的音乐更受到人们的欢迎；然而，巴赫带给人们的却是上帝的语言，华丽高雅而不做作，繁复的曲调之中蕴含的作曲技巧几乎在他后来的任何作曲家身上都找得到他的影子，卡拉扬曾经说过：“每天清晨第一件事就是聆听巴赫的音乐，这好似清泉流淌经过心灵的音乐有助于我校正听力。”诚然，巴赫的音乐听上去是很“不友好的”，但是，如果您是位音乐爱好者的话，不听巴赫的音乐就好像错过了整个巴洛克。
巴赫的音乐如其人，清泉一般的音调总是含蓄地表达感情，当你在仔细分析其乐式时，感情也许在你还没有反应过来时已经到了你的心底。巴赫的音乐创作更是为后人做了铺垫，就好像哲学家或数学家一般。当贝多芬第一次听到巴赫的音乐时，他说：“这哪是小溪(Bach)啊，这明明是大海呀！”
与另一位巴罗克音乐大师亨德尔相比，他们有某些相似的地方，但巴赫所走的道路，显然要曲折许多。他们出生的时间仅相差26天，出生的地点仅相距150公里。亨德乐因父亲反对他学习音乐而偷偷躲在阁楼上凭借月光练琴，而巴赫则因大哥不肯给他乐谱不得不悄悄地在月光下抄写。他们都成为巴罗克音乐的代表人物，而在晚年都双目失明。
亨德尔爱交际，好活动，对周围世界有着广泛的兴趣，并善于适应环境。他不仅在意大利赢得了成功，而且在英国更是声名显赫，受人尊敬。
相比之睛，巴赫内向、安静，终身为教会与宫廷服务，不出国门一步，生时默默无闻，死时悄然离去。正如法国音乐评论家保罗.朗杜尔所言：巴赫”创作的目的并不是为后代人，甚至也不是为他那个时代的德国，他的抱负没有越出他那个城市、甚至他那个教堂的范围。每个星期他都只是在为下一个礼拜天而工作，准备一首新的作品，或修改一首旧的曲子；作品演出后，他就又把它放回书柜中去，从未考虎到拿来出版，甚至也未想到保存起来为自己使用。世上再也没有一首杰作的构思与实践像这样天真纯朴了”！
巴赫的音乐作品包罗万象，除歌剧外遍及当时所有的音乐领域(这一点叠民亨德尔截然不同，亨德尔成功的道路正是从歌剧起始)。尽管作品中的大部分早已散佚，但仍有500多部保留下来。
其中比较主要的代表作包括：《平均律钢琴曲集》(TheWell-TemperedClavier)、《赋格的艺术》(TheArtofFugue)、《勃兰登堡协奏曲》(brandenburgConcertos)6首、《小的琴协奏曲》两首、《无伴奏小提琴奏鸣曲与组曲》6首、《无伴奏大提琴奏鸣曲与组曲》6首、《法国组曲》、《英国组曲》、《农民康塔塔》(PeasantCantata)、《咖啡康塔塔》(CoffeeCantata)、《马太受难乐》(Matthauspassion)、《b小调弥撒曲》，等等。
巴赫在音乐艺术上的最大成就是将复调音乐推上一个空前的高度(亨德尔则偏重于主调音乐)，在这个领地里，可以说他已达到了炉火纯青、登峰造极之境地。
由于他具有人道主义的崇高信念和对美好生活不屈不挠的追求，他的音乐往往生气勃勃，富有人情味。
巴赫在世时，作品不为人们所理解，他既没有显赫的地位，也没有赢得社会的承认。是伟大的莫扎特和贝多芬，首先发现了他的宝贵价值。他们被巴赫音乐的深刻，完美与无懈可击所震动。当贝多芬第一次看到巴赫的某些作品时，不禁惊叹道：“他不是小溪(巴赫的名字德文Bach,是‘小溪’的意思)，是大海！”1829年，门德尔松在柏林的一次具有划时代意义的演出中，使巴赫的《马太受难曲》复活了。肖邦在举行他的音乐会之前练习巴赫的作品，李斯特把巴赫的一些管风琴作品改编为钢琴曲，舒满是巴赫协会的创始人之一，这个组织承担了出版这位大师作品的完整版本的巨大任务。
今天，走遍世界各地，到处都能听到巴赫的音乐。其中，许多作品早已被列为艺术院校培养学生的必修教材和国际重大音乐比赛的参赛曲目。巴赫被称为“不可超越的大师”，甚至被誉为“欧洲近代音乐之父”。
